Để khám phá nội dung trên các trang web, các máy tìm kiếm sử dụng các máy dò để lần theo các hyperlink thông qua các số đã biết của cổng giao thức ảo. Kỹ thuật này lý tưởng để khám phá các nguồn tài nguyên trên web nổi, nhưng không có tác dụng mấy đối với web chìm. Ví dụ, những máy dò này không thử tìm các trang liên kết động mà kết quả truy vấn database dựa trên số vô định các truy vấn có thể xảy ra. Chú ý là điều này có thể (một phần) được vượt qua bởi cách cung cấp các đường dẫn tới các kết quả truy vấn, nhưng điều này lại vô tình làm thôi phồng sự nổi tiếng cho một trang deep web.

Vào 2005, Yahoo! thực hiện một dịch vụ tìm kiếm một phần nhỏ của web chìm bằng cách ra mắt Yahoo! Subscriptions. Máy tìm kiếm này tìm kiếm trong vài trang web mà phải đăng ký thành viên mới vào xem nội dung được. Vài trang này hiển thị đầy đủ nội dung cho máy tìm kiếm robot do đó chúng sẽ hiển thị trên kết quả tìm kiếm của người dùng, nhưng sau đó hiển thị lên một trang đăng nhập (log in) hoặc trang đăng ký khi click vào một đường dẫn từ trang kết quả tìm kiếm từ trang đó.

Từ lúc trình duyệt Tor ra đời, người dùng có thể dễ dàng truy cập được vài tầng trong deep web một cách khá an toàn (khỏi những trang dark web hoặc những trang web của tội phạm, web chứa nội dung phi pháp, hacker, thông tin mật...) tràn lan trong deep web mà không được kiểm soát, ảnh hưởng đến sự bảo mật và an toàn của người truy cập. Để duyệt các web trong đấy cần những thư viện các đường dẫn. Và để truy cập được những trang web bảo mật hơn trong web chìm, người dùng cần phải có kiến thức về phần mềm và phần cứng cao. ', ', , và là một vài máy tìm kiếm có khả năng truy cứu vào các trang deep web. Intute đã hết kinh phí vận hành và chỉ lưu trữ tạm thời ngoại tuyến vào tháng 7 năm 2011.